След безсънна нощ и 18-часов втори етап техническите проблеми за Орлин Алексиев и Пламен Николов продължиха и в отсечката от Сан Рафаел до Сан Хуан. Двамата успяха да се доберат до бивака в 5 ч. сутринта след 6-часов престой за поправяне на автомобила. Проблемите с горивната система продължиха заради некачественото дизелово гориво, налято в автомобила на бензиностанция на порта след освобождаването на колата от ферибота. След това горивото е разяло гумата в резервоара, която предпазва вътрешния обем от резки колебания. По време на етапа са се счупили двете горивни помпи. Също така екипажът е попаднал във фешфеш, който много е забавил българския Fiat.В сряда предстои още по-труден и дълъг етап от Сан Хуан до Чилечито, с дължина 868 км, от които 501 км са скоростни.Етап №3 се оказа много сложен дори за някои от фаворитите. Безапелационният лидер при ATV-тата Маркос Патронели едва спаси живота си при инцидент, в който четириколката му беше напълно унищожена след падане от висока пропаст. Аржентинецът е добре, но състезанието за него приключи.

При автомобилите фаворитите Петерханзел, Сайнц и Ал Атия изпаднаха от водещите позиции, след като натрупаха значително изоставане заради проблеми с навигацията. Най-накрая късметът обаче се усмихна за Роби Гордън, който навакса част от изоставането си, но все още е 41-ви в генералното класиране на над 3 часа и половина от Нани Рома. Петерханзел също изостана сериозно – на 24 минути от съотборника си Рома. Победителят от първия етап Карлос Соуса също е вън от ралито след третия етап.

При двуколесните Хуан Бареда Борт (Honda) отново спечели етапна победа и е категоричен лидер с преднина от 13 минути пред Сирил Депре.

При камионите голямата новина е отпадането на Айрат Мардеев с Камаз, който спечели първия етап. Руснакът катастрофира на 386-ия километър. Съперникът му и основен претендент за победата Жерар де Рой му помогна да изправи обърнати камион, но не успя да го върне в нормално положение докрай. Холандецът загуби 22 минути, докато се опитваше да помогне на руснаците и след финала съдиите му върнаха загубеното време, което направи Де Рой победител в етапа и временното класиране.